Возможно данная квартира является вымороченным имуществом. Например, жила в ней какая-то бабуля и умерла не оставив наследников. Соответственно, далее собственником стал город. Думаю, вам с отказом на руках надо сходить в департамент имущества.

Закажите выписку о переходе права в МФЦ (только не ФИГС ЕГРН через интернет ) , и если там тоже Москва собственник ,то пишем благодарность ДГИ в Прокуратуру ..

Собственность г. Москвы можно оспорить, т.к. с момента первой приватизации первой квартиры в МКД ,освободившаяся по разным причинам квартира,уже является общим имуществом всех собственников этого дома.

С такими ситуациями сталкивалась по работе. Сейчас государство переводит муниципальное жиле в собственность города. Вам для начала нужно перевести жилье в социальный найм, затем приватизировать.
2) Сделайте проверку квартиры, в которой сейчас проживаете. Нужно заказать архивную расширенную выписку с историей перехода права. Кому когда принадлежала квартира, если она была раннее приватизирована. Как вы эту квартиру приобрели? Как очередники города? В департаменте очень часто бывают случаи когда одну квартиру по смотровому ордеру предлагают нескольким людям из очереди.Я сама была очередник с 1986 года и не однократно столкнулась с такой ситуацией.

Собственник г. Москва - абсолютно всех квартир находящихся в муниципальной собственности. Это априори и по другому тут быть не может. Но не всегда права г. Москва зарегистрированны в ЕГРН и это нормально.
Обозначенная Вами причина не могла послужить основанием для отказа в приватизации. Это полный абсурд и такого просто не может быть. Скорее всего, речь идёт о каком-то другом собственнике или о принципиальной невозможности приватизации данной квартиры. Закажите выписку из ЕГРН, узнайте кто собственник и далее действуйте по ситуации.